Chemie je v česko-italské sekci vyučována povinně od 1. do 5. ročníku. Výuka probíhá v celé třídě a také v rámci půlených hodin. V prvních dvou ročnících je vyučovacím jazykem čeština, od 3. ročníku pak italština. Hodinová dotace činí v 1. až 4. ročníku dvě vyučovací hodiny týdně, v 5. ročníku je navýšena na tři hodiny týdně.
Výuka probíhá převážně v odborné učebně chemie vybavené pomůckami pro demonstraci chemických pokusů i názornou výuku. Studenti si postupně osvojují základní poznatky z chemie a učí se chápat význam chemických procesů v přírodě i běžném životě.
Ve 3. ročníku je výuka doplněna pravidelnými laboratorními pracemi, které probíhají jednou měsíčně. Ve specializované chemické laboratoři si studenti osvojují základy laboratorní práce, seznamují se s chemickými metodami a učí se bezpečně pracovat s laboratorním vybavením. Praktická cvičení rozvíjejí jejich schopnost samostatné práce i logického vyhodnocování získaných výsledků.
V posledních ročnících si mohou studenti rozšířit své znalosti prostřednictvím volitelných seminářů. V předmaturitním ročníku je nabízen Přírodovědný seminář propojující poznatky z chemie a biologie, který je vyučován v českém jazyce. V maturitním ročníku mohou studenti navštěvovat Seminář z chemie vyučovaný v italském jazyce, který je zaměřen na prohloubení odborných znalostí a přípravu k maturitní zkoušce.
Součástí výuky jsou také exkurze do vybraných průmyslových podniků, laboratoří a vědeckých pracovišť, které studentům přibližují praktické využití chemie v moderní společnosti.
Absolventi česko-italské sekce úspěšně pokračují ve studiu chemických, přírodovědných i lékařských oborů na českých i zahraničních vysokých školách. Díky odbornému základu a výborné jazykové vybavenosti mají široké možnosti dalšího studijního i profesního uplatnění.


